Está situado en La Mancha a 110 kilómetros de la capital conquense, y a 80 de la albaceteña, a orillas del río Rus y en la convergencia de las vías A-43 y AP-36.
En un altozano de la llanura del término de San Clemente, a 8 kilómetros al norte de la villa y cerca del nacimiento del río Rus, existía una población mora, quizá de ese nombre, de cuyo castillo quedan ruinas y en una cueva excavada en la roca al pie de dicho castillo, popularmente conocida como “Cueva de la Mora”, se encontró una imagen de la Virgen, a la cual, por el nombre del paraje se la llamo de Rus, y es hoy la Patrona de San Clemente, estando construída su ermita a los pies del castillo
Cuenta la tradición que en el altozano existió población goda que veneraba dicha imagen y que con motivo de la invasión sarracena, la oculto en la expresada cueva de la invasión sarracena, la oculto en la expresada cuenca para evitar su profanación, siendo descubierta por un pastor, una vez reconquistado este territorio por huestes cristianas.
Por otra parte y como otras poblaciones de la región, esta importante villa de La Mancha conquense, debió tener un remoto origen, al margen de expresiones tradicionales, como lo atestiguan los diferentes restos de construcciones romanas halladas en las cercanías.
La conquista de Cuenca y Alarcón por Alfonso VIII y la posterior derrota de los almohades en las Navas de Tolosa, es la causa directa de la anexión de San Clemente y su territorio a Castilla en el siglo XII.
La tradición cuenta que el nombre actual de la villa le viene de uno de aquellos caballeros que se estableció en sus campos, llamado Clemente Pérez de Rus, nombre que indica la procedencia o naturaleza de dicho hidalgo(el Castillo de Rus), población anterior a la fundación de San Clemente, como quedó reflejado con anterioridad.
Dependiente de Alarcón pasa con ella a formar parte del Marquesado del Villena y vivirá sus muchas vicisitudes, bajo el señorío de los Manuel, primero y más tarde de los Infantes de Aragón.
En aquellos tiempos de la reconstitución política de los pueblos bajo el patrocinio de los reyes, todos aspiraban a la autonomía e independencia de los señoríos mediante fueros y carta-pueblas, y uno de ellos fue San Clemente, consiguiendo, con fecha 10 de Diciembre de 1445, que el Maestre de Santiago don Juan Pacheco, primer Marques de Villena, lo elevase a Villa, título que le reconocieron Juan II y Enrique IV.
Los Reyes Católicos, al desposeer al Marques de Villena de sus estados, por el apoyo que presto a la causa de la Beltraneja, incorporan la villa de San Clemente a la Corona, haciéndola de realengo y la visitan el día 9 de Agosto de 1488, jurando “de facer guardar y facer mandar guardar todas las cosas y mercedes y privilegios que tenía dicha villa”. Durante el siglo XV y XVI, en el contexto de la acelerada repoblación de hasta entonces casi desierta zona y su parejo desarrollo agrícola, la villa alcanza su máximo esplendor y prosperidad. Pero al igual que toda región, y en general en toda la España interior, en comienzos del siglo XVII experimente los primeros síntomas de decadencia. Entre sus causas hay que señalar las consecuencias de la guerra de los moriscos de Granada, una gran plaga de langosta, una tremenda epidemia de peste y el excesivo poblamiento, todo ello combinado con un descenso de los rendimientos agrícolas y una ganadería limitada por el escaso número de pastos propios y por su exclusión en los circuitos de la trashumancia.
San Clemente se revitalizó durante la segunda mitad del siglo XVII al transmutar su estructura económica agraria en una economía de servicios tanto administrativos como comerciales y artesanales.
La población estuvo gobernada por un corregidor y veinte regidores, el último corregidor, al establecer el régimen municipal, era Diego López de Haro, señor del barrio de San Sebastián. Fijan su asiento en San Clemente, en casas de artística portadas, rematadas por sus escudos de armas, las principales familias hidalgas de la comarca, cuyos nobles apellidos se mencionan en las Relaciones de Pueblos del Obispado de Cuenca. Se fundas hospitales: el de Nuestra Señora de la Concepción y el de Santiago para mujeres pobres y el de San Sebastián para peregrinos y mendigos. Se levantan monasterios y conventos de Franciscanos, del Carmen, Trinitarias y Clarisas; la Real Casa de Estudios de la Compañía de Jesús; se construye el Real Pósito y establece en la villa su residencia el Gobernador del Marquesado de Villena, con jurisdicción en veintiséis villas y dos ciudades.
A tenor de todo este esplendor, Torres Mena consideró a la villa de San Clemente como capital de la Mancha Alta, llamada de Aragón o Montearagón, denominándola la “Pequeña Corte Manchega”. Durante la guerra de Sucesión, fue cuartel del general Duque de Berwich, mostrando con insignes hechos de armas a su lealtad a Felipe V, quien le concedió el título de “Muy Noble, Muy Leal y Fidelísima Villa”. Uno de los linajes más destacados a favor de la causa del Rey, el de Sandoval, de reconocida memoria para la villa de San Clemente. En la guerra de la Independencia, fue localidad muy trabajada por los franceses, sufriendo sorpresas, incendios y toda clase de padecimientos, teniendo un héroe casi legendario, don Bibiano Hellín, al que cita Galdós en los Episodios Nacionales.
Algunos lugares de interés en San Clemente son:
La Plaza mayor
La Torre Vieja
La plaza de toros
Palacios antiguos
